نحوه اجرای مفاد بند الف ماده ۳۹ قانون احکام دائمی برنامه های توسعه کشور با توجه به تصویب قانون دائمی مالیات بر ارزش افزوده در تاریخ ۱۴۰۰/۰۳/۰۲
به پیوست نظر اکثریت اعضای هیأت عمومی شورای عالی مالیاتی موضوع صورتجلسه شماره ۲۰۱۶ مورخ ۱۴۰۲/۰۶/۱۲ در خصوص نحوه اجرای مفاد بند (الف) ماده (۳۹) قانون احکام دائمی برنامه های توسعه کشور با توجه به تصویب قانون دائمی مالیات بر ارزش افزوده در تاریخ ۱۴۰۰/۰۳/۰۲ که در اجرای بند (۳) ماده (۲۵۵) قانون مالیاتهای مستقیم به تنفیذ رئیس کل محترم سازمان امور مالیاتی کشور رسیده است، به شرح زیر برای اجراء ابلاغ میشود
«اگر چه مطابق بند (۱) ماده (۵۵) قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۴۰۰ احکام قانون مالیات بر ارزش افزوده سال ۱۳۸۷ نسخ گردیده است؛ لیکن نسخ تعارضات آشکار در مورد احکام مربوط به مالیات بر ارزش افزوده سایر قوانین در سایر بندهای ماده مذکور به صورت صریح متعین احصاء و تبیین گردیده است افزون بر این که تنفیذ قوانین و مقررات ذیل ماده (۵۶) قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۴۰۰ از جمله بند ۹ (بندهای (الف) و (ب) ماده (۳۰) و بند (۳) ماده (۴۸) قانون احکام دائمی برنامه های توسعه کشور صرفاً ناظر بر تداوم وصول برخی وجوه و استمرار پاره ای از معافیت های موجود میباشد .
فلذا از آن جایی که حکم تبصره (۲) ماده (۱۷) قانون مالیات بر ارزش افزوده ۱۴۰۰ جایگزین حکم تبصره (۱) ماده (۲۰) قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷ گردیده بر پایه استدلالهای فوق و همچنین مبتنی بر قاعده حقوقی رجحان محتوا بر شکل عبارت مصوب سال ۱۳۸۷ ) در متن بند (الف) ماده (۳۹) قانون موصوف قید توضیحی بوده و مانع استمرار و حاکمیت بند (الف) ماده یاد شده به قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۴۰۰ نخواهد بود».