از تاریخ لازم‌الاجراء شدن این قانون، ماده واحده قانون راجع به تجویز دادرسی غیابی در امور جنایی مصوب ۱۳۳۹/۳/۲، قانون دادرسی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۶۴/۲/۲۲ به‌جز مواد (۴)، (۸) و (۹) آن قانون، قانون تشکیل دادگاه های کیفری (یک و دو) و شعب دیوان عالی کشور مصوب ۱۳۶۸/۴/۲۰، قانون تجدید نظر آرای دادگاهها مصوب ۱۳۷۲/۵/۱۶، مواد (۷۵۶) الی (۷۷۹) الحاقی مورخ ۱۳۸۸/۳/۵ به قانون مجازات اسلامی (تعزیرات و مجازات های بازدارنده) و ماده (۵۶۹) قانون آیین‌دادرسی کیفری مصوب ۱۳۹۲/۴/۱۲ و اصلاحات و الحاقات بعدی آنها ملغی است.
