سلام و وقت به خیر
پرداخت حقوق در مناطق آزاد و پارک‌های علم و فناوری با دادنامه  شماره ۳۴۴ دیوان عدالت اداری در سال ۱۳۹۹ مشمول مالیات شد و بر این اساس بخشنامه شماه ۲۱۰/۹۹/۳۳ مورخ ۹۹/۴/۱۰ از سوی سازمان امور مالیاتی صادر شد و هم اکنون حقوق کارکنان منطقه آزاد هم مشمول مالیات حقوق می‌باشد مثل سایر مناطق (بجز مناطق کمتر توسعه یافته)
موضوع معافیت ۵۰% مالیات حقوق هم طبق ماده ۹۲ قانون مالیات‌های مستقیم مربوط به مناطق کمتر توسعه یافته است و ارتباطی با مناطق آزاد ندارد. در مورد مالیات عیدی کارکنان این مناطق هم صرفا معافیت مالیاتی ماده ۹۱ منظور می‌شود.