تاریخ اجرای این قانون از اول سال ۱۳۸۱ خواهد بود و کلیه اشخاص حقوقی که شروع سال مالی آنها از اول فروردین ماه سال ۱۳۸۰ به بعد باشد نیز از لحاظ ترتیب رسیدگی و نرخ مالیاتی مشمول این قانون خواهند شد. از تاریخ اجرای این قانون کلیه قوانین و مقررات مغایر به استثنای احکام مالیاتی مقرر در قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران در دوران برنامه مزبور و نیز ماده (۱۳) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۷/۶/۱۳۷۲ واستفساریه مصوب ۲۱/۱/۱۳۷۴ قانون اخیرالذکر لغو می‌گردد. این‌حکم شامل قوانین و مقررات مغایری که شمول قوانین و مقررات عمومی به آنها مستلزم ذکر نام یا تصریح نام است نیز می‌باشد.
